Thời tiết có thể là yếu tố quan trọng khi lên kế hoạch khám phá Đảo Bunaken và đừng quên rằng mùa thấp điểm thường sẽ có giá tốt hơn. Tháng Chín và Tháng Mười thường là tháng nóng nhất với nhiệt độ trung bình 27°C; trong khi đó Tháng Hai và Tháng Ba là tháng lạnh nhất với nhiệt độ trung bình 26°C. Tháng nhiều mưa nhất tại Đảo Bunaken và Tháng Một, Tháng Năm, Tháng Mười Hai và Tháng Mười Một, với lượng mưa trung bình đến 325 mm mỗi tháng.