Biết rõ thông tin thời tiết là yếu tố quan trọng để có một kỳ nghỉ sang trọng tuyệt vời tại Pulau Perhentian Kecil. Tháng Năm và Tháng Sáu thường là tháng nóng nhất với nhiệt độ trung bình 28°C; trong khi đó Tháng Một và Tháng Hai là tháng lạnh nhất với nhiệt độ trung bình 26°C. Tháng nhiều mưa nhất tại Pulau Perhentian Kecil và Tháng Mười Hai, Tháng Mười Một, Tháng Một và Tháng Mười, với lượng mưa trung bình đến 479 mm mỗi tháng.